Hi GATK Team,
I'm using 4.1.2.0 / HaplotypeCaller with the following command with a Haloplex BAM (high depth)
gatk --java-options "-Xmx5g -Djava.io.tmpdir=." HaplotypeCaller --minimum-mapping-quality "20" -L "15:42170528-42172528" -R human_g1k_v37.fasta -I jeter.bam -O jeter.vcf --dont-use-soft-clipped-bases --max-reads-per-alignment-start 1000
the generated vcf contains a HOM_VAR variant at 15:42171528
15 42171528 . G T 2573.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.186;DP=971;ExcessHet=3.0103;FS=9.978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-7.353;SOR=7.656 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,624:695:99:2587,626,0
while I can mostly see REF alleles:
$ samtools mpileup -f human_g1k_v37.fasta jeter.bam | grep 42171528
15 42171528 G 1060 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,t,,t,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,................................................................, B>?B???>???:>?>?BB:8>><???:???>??B????????????????????:?B???????:?????????>????B?@??????B?B@B8:?>@?88??@>??>:?????????>>?????@B???>????<B????:>@?@??:???????<8B???????????????????1BA@???<????????????>@:??1B?<A?>B?@?=@??@???6?1???>??B??????????????????????:??????B:??>??:???????8?:8@??5B5???????8?:>?????><8?B8?:??????B??????@??>??<??@???@?<??B??@B??B?????><B5???@>?>??>??>??@B???/?:78?@???????@B?>??>?:8B8??????>?:?B????????BBB??????????>??B????@>???:?????>@?????????????B?:?<>?????>?>???:?@5???<?????????:?>3??>??:?>>?8>???:???????????:???:?B?@???????????>???????????5????????8???B??????????>???5???6B?=?5@??A@AAA>;A?88A;@?AA@AAAA>=7BA?AA>AA@?AA@ABBA@AAAAA?@7@??;A?@A;A=ADA?@ADAAAADA?BAAA?ABAA?AAA?AA???D?>A?AAADA8BAAAD?AA?AAD?>AAD>A/ADD8D???@A;AABA8AAAAA7A?A?AA???;?AAD@ADA>AA;DA@AAA@;DDAA?DA@DDA?@A?A?AAA>DA7DAB@AAAA@D??A@A@AAA?AA6ABAB>A@?ADAA??A??AA2;AAAA@D?AA@?AAA?DAA@AB?A???A?A;;?@6AA?AA@AAAA8AAABD=AAAAAAAAAA??>@88@BD/?A;?AA?DAAA@AAAA@@D@AAAA?@AAD?DAAA>DA?AA@8;;9ADD/:B>6>8;>:6:@8;/8@@8D@gfZ^cgggh`ge__cgg^eegiggZegkgeggihgaggggjgVgegggeiXgeigX_ggegdajB
Am I doing anything wrong ? If it helps, I put some minimal files here: https://nextcloud-bird.univ-nantes.fr/index.php/s/HYsx26oRmrJNwAd